Este monasterio fue fundado por los Reyes Católicos en 1476 con dos objetivos bien definidos. El primero fue el de conmemorar la victoria obtenida en la batalla de Toro, en la que derrotaron a los portugueses partidarios de Juana la Beltraneja, quien aspiraba a arrebatarles el trono de Castilla. El segundo objetivo era el de utilizar el monasterio como su lugar de enterramiento, objetivo que se vio descartado ante la oposición del Cabildo toledano, siendo finalmente los monarcas enterrados en Granada.
Las obras comenzaron en 1477 bajo la dirección de Juan Guas, a quien le sucedieron tras su pronta muerte Simón de Colonia y Enrique Egas. Las obras pueden darse por terminadas tras la construcción de la escalera de los claustros, realizada por Alonso de Covarrubias, y el pórtico de la iglesia, trazado por Nicolás de Vergara el Viejo y concluido por Juan Bautista Monegro en 1606.
El monasterio fue gravemente dañado a comienzos del siglo XIX, durante la Guerra de la Independencia, siendo finalmente restaurado en 1883 por Arturo Mélida.