Es éste el único monumento conservado anterior a la Reconquista cristiana de la ciudad. La inscripción que reza sobre su fachada frontal es la única referencia sobre su antigüedad, datándola a finales de 999 o principios del 1000. Según dicha leyenda el encargado de dirigir la construcción fue el arquitecto Musa Ibn Alí, siendo financiada por Ibn Hadidí, tratándose este último posiblemente de un importante personaje de la época.

El mismo día de la Reconquista, el 25 de Mayo de 1085, el edificio fue consagrado al culto cristiano, celebrándose aquí, según afirma la tradición, la primera misa. Es en esta etapa cuando se le añade el ábside que sirvió de posterior modelo para el resto de iglesias mudéjares toledanas, con una rica decoración de arquerías ciegas. La pequeña planta del templo (de sólo 66’5 m. cuadrados), está dividida por cuatro columnas que forman nueve espacios abovedados separados por arcos de herradura.

Mezquita del Cristo de la Luz en Toledo

Allá por el año de 1186 el templo fue cedido por don Alonso El Bueno a los caballeros de la Orden de San Juan, como agradecimiento a los servicios prestados. La única condición es que dicho templo no podía tener feligreses ni gozar de diezmos y privilegios como el resto de parroquias de la ciudad.

No existen más datos documentales hasta la época del cardenal Mendoza, cuando éste recuperó el edificio restaurándolo y ornamentándolo para el culto.

En 1871 el arquitecto López Sánchez descubrió unas pinturas murales, muy similares a otras románico-mudéjares aparecidas en la iglesia de San Román, en las que pese a su estado de deterioro se distinguen las figuras de un prelado y cuatro santas.

Fue en el año 1900 cuando la antigua mezquita es declarada Monumento Nacional.